染色质重塑(chromatin remodeling)指染色质结构在浓缩状态和转录可及状态之间发生的动态变化过程。研究表明染色质重塑异常与癌症发展、治疗耐药性和肿瘤发生过程中的基因组重编程有关。作者从既往文献收集整理49个染色质重塑相关基因(chromatin remodeling-related genes, CRRGs)在乳腺癌中进行分析。

Part1. 文章信息

染色质重塑相关特征表征免疫景观并预测浸润性乳腺癌的预后。

Identification of chromatin remodeling-related gene signature to predict the prognosis in breast cancer.(PMID: 40317384, 2025.05)

Notes:

• BRCA: breast cancer, 乳腺癌，作者收集整理TCGA-BRCA和GSE20685进行分析。
• CRRGs: chromatin remodeling-related genes, 染色质重塑相关基因，作者从既往文献收集整理49个基因，可在Table S1中查找得到。

Part2. 结果解读

技术路线图

Part2.1 CRRGs分子分型

作者针对49个CRRGs进行预后分析，其中4个基因与预后相关。同时根据CRRGs可将TCGA-BRCA分为两个亚型，且亚型与预后密切相关。

Part2.2 预后模型构建及验证

将亚型差异基因和肿瘤差异基因求交集，共获得141个交集基因，最后纳入5个基因构建预后模型。并在GSE20685数据集中进行验证。

Part2.3 riskScore周边

针对构建的预后模型(riskScore)，构建Nomgram, 同时进行富集分析、分析其临床特征(TNM、年龄、性别等)、基因突变、免疫细胞浸润、免疫治疗反应及药物反应等。

Part2.4 核心基因周边

针对构建预后模型的基因，进行基因表达、PPI网络分析，并在临床样本中验证。

碎碎念：

• 染色质重塑在疾病的进展中扮演者非常重要的角色，非常值得深入进行探索。
• 记录下咖啡的美照。

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